Казахстанско-Немецкий университет располагает современными лабораториями, которые предоставляют студентам возможность получения широкого диапазона практических навыков.
Лаборатория по физике оснащена стендами и приборами для проведения работ по изучению магнитных и электрических явлений, закономерностей статики и динамики вращательных движений, квантовых и волновых свойств света и др. Часть лабораторных работ проводится в виртуальном режиме с использованием компьютерной техники.
Лаборатория экологической химии оснащена приборами для проведения работ по комплексному исследованию качества окружающей среды. В частности, качественному и количественному изучению воды, а также атмосферного воздуха. В числе приборов лаборатории имеются анализаторы воды, кондуктометр, рН-метры, газоанализаторы, спектрофотометр и вспомогательное оборудование для лабораторных экспериментов.
Лаборатория цифровых технологий позволяет проводить практические, лабораторные, исследовательские работы и эксперименты. Предоставляет студентам максимальную свободу по внесению изменений программного обеспечения, не нарушая программные настройки для остальных пользователей, а также по подключению иных устройств, как компьютерное плато и схемы. Обеспечивает студентов серверами со специальными приложениями и операционными системами. Предоставляет возможность работы с операционными системами Windows 10 Pro и Ubuntu, а также с платформами Arduiono и NetBeans.